Tras esto, comienza el «modo de evasión», donde los enemigos se mantienen alerta de la presencia de un intruso. Cuando el contador llegue a cero, se vuelve al «modo de infiltración», donde los enemigos ya no sospechan de la presencia de Snake. Estas se llevan a cabo utilizando la cámara en tercera persona, que a menudo cambia su ángulo para dar al jugador la mejor vista posible de la zona, y un radar en la pantalla, que muestra a los enemigos y su campo de visión.
